크로스웨이 교회의 행정은 당회, 제직회, 각 부서의 모임으로 운영합니다. 당회는 교회가 나가야 할 방향 제시와 교회 사역자 임명, 인사 문제들을 결정합니다. 제직회는 각 부서를 대표하는 부장들과 소그룹의 목자들로 구성되어 각 부서에서 제출하는 안건들을 토의하고 결정합니다. 각 부서의 모임은 부서 별로 모이되 각 부서에서 필요한 것을 의논하고 실행합니다. 현재 크로스웨이에는 예배부, 전도부, 관리부, 교육부, 성인교육부, 재정부, 친교부, 소그룹지원부, 경조부등이 있으며 선교와 행정, 새 가족은 전담 사역자가 담당하고 있습니다.

예배부는 주일 예배와 특별 예배의 모든 순서가 은혜롭게 진행되도록 준비하며 찬양팀. 미디어팀, 성가대, 환경미화팀으로 구성되어 있습니다.

전도부는 테이프 사역, 전도 책자 발행등을 통하여 복음을 모르는 사람들에게 복음을 효과적으로 전하기 위하여 연구하고 실행합니다.

관리부는 건물 관리, 기물 관리, 차량 관리 등으로 나뉘어 교회의 시설과 기물들을 관리합니다.

교육부는 2세들의 교육이 효과적으로 진행되도록 전담 사역자들과 교사들을 도우며 학부모들과의 교량 역할을 합니다.

성인교육부는 성도들의 훈련을 담당하며 현재는 네 단계의 성경 공부와 성경통독반을 운영하고 성도들의 영적 성장을 위한 도서실 사역을 감당합니다.

재정부는 헌금 계수와 정리를 하며 교회 예산을 작성하고 교회의 지출이 잘 집행되도록 합니다.

친교부는 주일 친교와 특별 행사의 친교로 섬기며 교회 내의 성도간의 친교을 돕는 기획과 관리를 합니다.

소그룹지원부는 각 소그룹의 운영이 효율적으로 진행되도록 돕습니다.

경조부는 교회내에 필요를 알아보고 돕는 일과 대외적으로 지역 사회를 섬길 수 있는 일들을 담당하고 교인들의 경조사를 돌아봅니다.

선교부는 교회의 모든 선교 기획과 정책 연구를 담당하며 장기/단기 선교사들을 돌보고 후원하며 선교 특별 집회와 선교 동원에 필요한 훈련을 하며 선교 여행을 기획하고 주관합니다.

행정부는 교회의 모든 부서들이 효율적으로 운영되도록 도우며 교회의 전반적인 행정을 관리합니다.